ما در حوزه تاریخ قرائات چالش‌هایی داریم که هرکس بخواهد به تدریس تاریخ قرائات بپردازد و یا در این باره نگاشته‌ای در قالب کتاب یا مقاله ارائه کند، لازم است به این چالش‌ها و پرسش‌ها توجه کند وگرنه کار مهمی نکرده است:

- اختلاف قرائات از چه زمانی رواج یافت و در نسخه‌های اولیه میزان اختلاف قرائات چقدر بوده است؟

- آیا به راستی توحید مصاحف به جهت رفع اختلاف قرائات بوده یا قصه دیگری در کار است؟

- نسبت اختلاف قرائات قبل و بعد از توحید مصاحف چقدر است؟

- پایه استواری و اعتباری قرائات موازی قرائت موجود و استناد آن‌ها چقدر است؟

- سیاهه مصاحف در طول تاریخ منطبق بر کدام قرائت است؟

- نسبت قرائت حفص از عاصم با قرائت موجود چیست و از چه زمانی و توسط چه کسی قرائت موجود به نام حفص ضرب شد؟

- ادله این همانی قرائت عامه و قرائت واحده (قرائت نازل شده بر پیامبر ص) و قرائت حفص چیست؟

- وثاقت یا عدم وثاقت حفص چه اثری بر قرائت موجود به لحاظ اعتبار بر جای می‌گذارد و آیا اساساً‌ اثری دارد؟

- در صورت تأثیر وثاقت حفص و صحت سند قرائی او، چه تأثیری بر قرائت موجود دارد؟

- نقش ابن مجاهد در ضرب قرائت عامه به نام حفص چیست و اساساً‌ ابن مجاهد چه جایگاه و خدماتی دارد؟

- آیا کار ابن مجاهد در حصر قرائات در قراء سبعه هوشمندانه و به مصلحت بود یا اشتباه و زیان‌آور؟

- چگونه است حفص که ربیبه عاصم بوده و پس از عاصم در کوفه جایگاهی نداشته و سپس به مرکز قراء یعنی بغداد رفته و در آن‌جا نیز نامور نشده و در نهایت به حجاز سفر کرده و در آن‌جا نیز شهرتی به دست نیاورده، قرائتش به قرائت جاری و ساری در جهان اسلام تبدیل شده است؟ این فرایند چگونه رخ داده و چه عواملی در آن دخیل بوده است؟

- قاعده القرآن و القراءات حقیقتان متغایرتان صحیح است یا خیر؟ و سیر تاریخی آن چیست؟

- شرایط پذیریش قرائات چه ارتباطی با اعتبار قرائت موجود دارد؟ (قرائت عامه/ قرائت واحده/ قرائت حفص)

- و ....

بیشتر این مسائل یا با تفصیل نسبی و یا به اشاره در مقاله «نظریه این همانی قرائات واحده، عامه و حفص از عاصم» (مجله قرآن‌پژوهی شماره ۳ یا پست‌های ۷۴۱و۷۴۲) آمده است و تفصیل آن در تعلیقات بر تاریخ قرائات آیت الله معرفت که بیشتر آن‌ها در وبلاگ ارائه شده و بخشی نیز در «برهان تاریخی بر تحریف‌ناپذیری قرآن (تاریخ قرآن و قرائات)» که نگارش آن تمام شده و در مرحله ارزیابی است، آمده است.