در دفتر نخست سخن از اعجاز، تحدّی و عدم معارضه در برابر قرآن بود و نتیجه مباحث آن، ما را به این نقطه رساند که قرآن معجزه است؛ زیرا پیامبر اکرمˆ آن را برای اثبات ادعای خود در مورد نبوت و رسالت، عرضه کرد و بر آن تحدّی نمود و کسی نتوانست به میدان تحدّی بیاید یا در میدان تحدّی شکست خورد؛ از این‌ رو معجزه بودن قرآن و ادعای پیامبرˆ اثبات شد. اینک در این دفتر سخن از چرایی ناکام ماندن منکران و معارضان در برابر قرآن است. در برابر این چرایی، دو پاسخ عمده وجود دارد؛ نخست: نظریه صرفه و دیگری، نظریه اعجاز درونی (متنی) قرآن. نظریه صرفه در بخش دوم به بحث گذاشته شده و بی‌پایگی و بطلان آن به اثبات می‌رسد. روشن است وقتی نظریه صرفه مردود باشد، راهی جز پذیرش اعجاز درونی قرآن باقی نخواهد ماند و این الزامی منطقی است؛ یعنی راز ناکامی منکران و معارضان از آوردن مانند قرآن به ویژگی‌های درونی آن مرتبط است.

در این مرحله، وجوه درونی (متنی) اعجاز قرآن مورد بحث است، لیکن به دلیل این‌که اعجاز قرآن در زمان نزول از سوی مردم عرب آن دوران درک شده است، شرط قابل فهم بودن کلیت وجه اعجاز قرآن برای مردم آن دوران پیش کشیده می‌شود؛ یعنی وجهی از وجوه اعجاز قرآن را بررسی می‌کنیم که در حد درک مردم آن دوران باشد. روشن است که منظور ما از درک مردم، کالبد شکافی و کشف سرّ نیست، بلکه کلّیت آن است؛ یعنی مثلاً مردم زمان نزول درک کنند که قرآن به دلیل بیان خارق العاده آن معجزه است و نه بیش.

شرط دوم مربوط به تحدّی قرآن است. قرآن تحدّی را به اندازه یک سوره (به انتخاب مخاطبان) در لفظ و محتوا و یا به اندازه ده سوره در بیان تنزّل داده است؛ از این‌ رو شرط «وجود آن وجه اعجاز در همه سوره‌های قرآن» نیز به شرط قبل پیوند می‌خورد و مسیر این دفتر را رقم می‌زند. به تعبیر دیگر، الزامی که در بالا بدان اشاره شد، تنها شامل وجوه قرآن با این دو شرط می‌شود و بیش از این مشمول الزام یاد شده نیست. در نتیجه، ما در این دفتر تنها وجوهی را بررسی می‌کنیم که این دو شرط را داشته باشند؛ یعنی اولاً: برای مردم زمان نزول قابل فهم باشند و ثانیاً: در همه سوره‌های قرآن یافت شوند. البته به دلایلی که در دفتر سوم بیان خواهیم کرد، وجوه دیگر نیز به دامنه اعجاز و تحدّی وارد خواهند شد، لیکن آن وجوه (مانند علمی، تشریعی و ...) این دو ویژگی را هم‌زمان ندارند.

با توجه به آنچه گفته شد، ناگزیریم به لحاظ منطقی اعجاز بیانی و تأثیری یا یکی از آن دو را بپذیریم؛ زیرا تنها این دو وجه اعجاز، دو شرط یاد شده را دارند و این نقطه آغازین پژوهش ماست؛ بنابراین، ما با تبیین این دو وجه در صدد اثبات وجود آن‌ها نیستیم؛ چراکه پیش از ورود به بحث، وجود آن‌ها را اثبات کرده‌ایم، بلکه در صدد تبیین آن‌ها هستیم. از سوی‌ دیگر، به دلیل معجزه بودن قرآن انتظار نداریم که این دو وجه را از همه ابعاد شناسایی کنیم و از اسرار آن‌ها آگاهی یابیم، بلکه همین‌که به حقیقت نزدیک شویم و از حجاب‌ها و ابهام‌های آن‌ها بکاهیم، کامروا گشته‌ایم، البته اگر بتوانیم ابعاد تحقیق درباره اسرار این دو وجه اعجاز را تا آن‌جا گسترش دهیم که به سطح فرابشری آن صعود کنیم، خواهیم توانست بار دیگر اعجاز بیانی و تأثیری را از طریق تبیین اثبات کنیم و این توفیقی دیگر به شمار می‌رود، لیکن به فرض اگر نتوانستیم در این زمینه و در این سطح توفیقی به دست آوریم، چیزی را از دست نداده‌ایم؛ زیرا پیش از ورود به بحث، به اثبات اعجاز بیانی و تأثیری دست یافته‌ایم.

این دفتر در دو جلد تنظیم شده و جلد نخست از یک مقدمه و سه بخش تشکیل شده است:‌

مقدمه عهده‌دار مباحث مقدماتی مانند تبیین کلید‌واژه‌ها و پیشینه‌شناسی است که البته سخن مشترک هر دو جلد است.

بخش نخست به تبیین اجمالی وجوه درونی و بیرونی اعجاز قرآن می‌پردازد تا جایگاه مباحث این دفتر روشن‌تر شود.

بخش دوم به نظریه صرفه اختصاص یافته است. نقد و بررسی نظریه صرفه مقدمه‌ای منطقی برای ورود به بخش‌های دیگر است.

بخش سوم به اعجاز بیانی اختصاص دارد. در اعجاز بیانی نظریه‌های مختلف به بحث گذاشته می‌شود و درنهایت، نظریه مختار نگارنده محور بحث قرار می‌گیرد.

جلد دوم که به اعجاز تأثیری و مسائل مرتبط با آن اختصاص دارد، از هفت فصل تشکیل شده است. در فصل نخست پیشینه تحقیقات بیان شده است. فصل دوم مشتمل بر گونه‌شناسی اعجاز تأثیری است و فصل سوم مهم‌ترین نظریه‌های اعجاز تأثیری را بازگو می‌کند. در فصل چهارم سیر تکاملی اعجاز تأثیری از دیدگاه دانشمندان متقدم و متأخر به بحث گذاشته شده و در فصل پنجم، تحلیل اثباتی اعجاز تأثیری تعقیب شده است. فصل ششم به خاستگاه اعجاز تأثیری و عوامل محوری آن اختصاص دارد و در فصل پایانی، شبهات مربوط به اعجاز تأثیری نقد و بررسی شده است.